Un nuovo approccio basato sulla struttura tridimensionale per predire il resistoma intestinale

Il microbiota intestinale è considerato un importante serbatoio di determinanti di resistenza agli antibiotici (antibiotic resistance determinants- ARDs), potenzialmente trasferibili, attraverso elementi genetici mobili, a patogeni batterici. Tuttavia, questa ipotesi è scarsamente supportata a causa delle lontane omologie tra ARD conosciute, da batteri coltivabili in vitro, e ARD del microbiota intestinale. Gli strumenti bioinformatici classici, dunque, basati sul confronto di sequenze non riescono a caratterizzare i determinanti di resistenza del microbiota e, ad oggi, il resistoma intestinale non è stato ancora completamente determinato.

Uno studio, nato dalla collaborazione tra l’Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) francese e l’Università di Birmingham (UK) ha predetto oltre 6.000 geni di resistenza agli antibiotici del microbiota intestinale grazie ad un innovativo metodo di annotazione, definito di “modellazione comparativa a coppie”. Il team ha svelato, così, che la maggior parte delle ARD previste (pdARD) era lontanamente correlata alle ARD conosciute (identità amminoacidica media del 29,8%) e che queste erano raramente trasferite tra le specie incluse quelle patogene.

Fonte

Prediction of the intestinal resistome by a three-dimensional structure-based method’. Ruppé et al. Nature Microbiology, 2018.

By | 2018-12-18T18:32:53+00:00 18/12/2018|