CARD 2020: un database per la sorveglianza del resistoma batterico

Con il crescente uso del sequenziamento genomico come strumento di sorveglianza per l’epidemiologia molecolare e l’identificazione continua di target genici specifici di antibiotico-resistenza (AR), la creazione di database e la realizzazione di una nomenclatura chiara rappresentano strumenti fondamentali.

Nel panorama dei database per AR, CARD (Comprehensive Antibiotic Resistance Database https://card.mcmaster.ca ) fornisce sequenze geniche e proteiche ​​di riferimento, modelli di rilevamento e strumenti bioinformatici, utilizzando un nuovo modello ontologico definito Antibiotic Resistance Ontology (ARO). Questo modello, creato appositamente dal team di ricercatori per integrarsi con i software già presenti, ha permesso di organizzare i dati di riferimento delle sequenze e delle mutazioni AR che sono alla base di specifici profili di resistenza, portando così anche ad un miglioramento negli algoritmi di identificazione di geni delle resistenza (Resistance Gene Identifier-RGI)). Dal 2017 ad oggi, CARD si è significativamente ampliato attraverso una revisione estesa delle sequenze di riferimento e della struttura ontologica, l’inserimento di oltre 500 nuovi modelli di rilevazione di resistenza antimicrobica, lo sviluppo di nuovi paradigmi di classificazione e l’implementazione di strumenti analitici.

Di particolare interesse la presenza, nel database CARD, di un nuovo modulo di “Resistomi e Varianti” che fornisce l’analisi, ed un riepilogo statistico, di varianti di resistenza, predette in silico, di 82 agenti patogeni ed oltre 100.000 genomi. L’aggiunta di queste varianti di resistenza al database consente di “riassumere” la resistenza prevista utilizzando le informazioni presenti in CARD, identificare i “trends” di movimento della resistenza antimicrobica e determinare varianti di resistenza nuove o mai descritte prima.  Un recente articolo, pubblicato su Nucleic Acids Research, descrive gli aggiornamenti e le espansioni del database CARD, il processo di “biocuration” dei dati di riferimento e le nuove risorse introdotte.

Per maggiori informazioni https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkz935/5608993

 Fonte

Alcock BP et al. CARD 2020: antibiotic resistome surveillance with the comprehensive antibiotic resistance database. Nucleic Acids Res, 2019. https://doi.org/10.1093/nar/gkz935

By |2019-11-28T10:48:56+01:0028/11/2019|